Mewtwo gözlerini bir laboratuarda açar. Çevresinde beyaz önlüklü bilim adamları vardır. Bu bilimadamlarıonu Mew'in genetik bilgisinden yaratmışlardır ve onun dünya yüzeyindeki en güçlü Pokemon olmasını istemektedirler. Mewtwo'nun kafası karışıktır ve sinirlidir. Laboratuarı yok ederek oradan kaçar ve Roket Takımı'nın başı Giovani (Sakaki)'nin eline düşer. Bir süre sonra onlarla da geçinemez ve onların da merkezlerini yokederek kaçar.
Bu arada bir tepede Ash (Satoshi), Brock (Takeshi) ve Misty (Kasumi) yemek yemektedirler. Sıkılmış olan Ash'i oradan geçen bir yabacı maça davet eder. Ash yabancıyı yendikten hemen sonra ona bir davetiye verilir. Bu davetiyede dünyanın en iyi pokemon antrenörü ile karşılaşma teklif edilmektedir. Bu karşılaşma New Island'da olacaktır. Ash daveti kabul eder.
Ash adaya hareket etmek üzere limana geldiği sırada müthiş bir fırtına patlar. Limanda kendi dışında adaya gitmek isteyen pek çok çalıştırıcı vardır. Fırtına nedeni ile gemi seferleri iptal olur. Fakat pekçok çalıştırıcı dövüşü kaçırabileceklerini düşünerek kendi imkanları ile yola çıkmaya karar verir. Ash de gitmek istemektedir fakat nasıl gideceğini bilmemektedir. Bu arada yanına yanışan bir viking gemisi onları götürmeyi teklif eder. Kahramanlarımızı teklifi kabul eder ve yola çıkarlar. Oysa ki vikingler kılık değiştirmiş roket takımıdır ve fırtının ortasında Jesse (Musashi), James (Kojiro) ve Meowth gerçek yüzlerini gösterirler.
Fakat fırtına kayıklarını parçalar ve kahramanlarımız kendilerini New Island'da bulurlar. Onlar dışında buraya Sweet, Sorao ve Umio isminde üç yetiştirici daha ulaşmıştır.
Sonunda ev sahipleri onların karşısına çıkar. Bu Mewtwo'dur. Yetiştiriciler bu duruma çok sinirlenirler fakat Mewtwo onları kolayca yener ve herkesin pokemonlarını ellerinden alarak aşağıdaki laboratuvara gönderir. Ash Pikachu'yu kurtarmak için onların peşlerinden gider. Bu arada Roket Takım'ı adanın laboratuvarına sızar. Burada pokemon klonlamak için yapılmış malzemeleri bulurlar. Mewtwo tarafından kaçırılan tüm pokemonlar burada kopyalanmaktadır.
Sonunda Ash tüm pokemonları kurtarır ve sahiplerine ulaştırır. Ama pokemonlar kopyalanmıştır bir kere ve tüm pokemonların kopyaları Mewtwo'nun yanında savaşmaya başlarlar. Eğitmenler ve Mewtwo arenada karşı karşıya gelirler ve Mewtwo pokemonlara savaşmalarını emreder. Tüm pokemonlar savaş alanında birbirine girer. Savaş saatler sürer, pokemonlar hem yorulmuş hem de yaralanmışlardır fakat durmamaktadırlar. Bu arada bir Mew savaş alanını bulmuş, Mewtwo ile savaşmaktadır.
Ash pokemonların ölümüne dövüşmelerine dayanamaz. Kendini savaş alanına atar ve Mew ile Mewtwo arasında kalır. Her ikisinden de gelen enerji dalgaları Ash'e çarpar ve Ash hareketsiz ve taşlaşmış bir şekilde yere yığılır. Pikachu, Ash'in yanına koşar, dostu hareket etmemekte ve nefes almamaktadır. Pikachu'nun gözleri dolar. Diğer tüm orijinal ve kopya pokemonlarda ağlamaya başlarlar. Pokemonların gözyaşları sihirli bir yol halinde birleşir ve Ash'e doğru akar. Ash'in vücudu eski haline gelir ve ASh yaşama geri döner.
Mewtwo artık insanlar ve pokemonlar arasındaki ilişkiyi anlamıştır. Tüm kopya pokemonları ve Mew'u alarak barış içinde yaşayacakları bir yer aramaya gider.
Kahramanlarımız ve diğer tüm yetiştiriciler birden bire kendilerini limanda bulurlar. Başlarına gelenleri hatırlamamaktardırlar. Fakat bir kişi hariç!!?